Esta es la segunda versión de cocodrilos criados en cautividad: 100 se lanzaron a principios de 2016 desde la misma instalación. Su nuevo hogar es una región del pantano reservada como refugio de vida silvestre, donde, críticamente, no se encuentran cocodrilos americanos. Las dos mayores amenazas para el cocodrilo cubano son la caza y la hibridación con sus primos estadounidenses. Mientras que los cocodrilos americanos prefieren el agua salada y el agua dulce de los cubanos, el desarrollo y la reducción del hábitat están forzando a las dos especies a interactuar e hibridar. Demasiada hibridación y el cocodrilo cubano menos numeroso dejaría de existir como una especie independiente.
Pantano de Zapata, donde se reintroducieron los cocodrilos. André Baumgarten / WCSLa población de cría en cautividad en Cuba tiene algunos individuos híbridos, pero una población genéticamente pura en el zoológico del Bronx en Nueva York ofrece a los grupos de conservación un plan de respaldo, en caso de que se necesiten sus genes..