Young, también líder espiritual de los colonos mormones de Utah, no tenía una alta opinión de los oficiales federales en general. Él los llamó "perros y mofetas ... enviados aquí por la autoridad del gobierno para gobernar a los hombres que están muy por encima de ellos, como lo están por encima de los animales viciosos y bajos que representan tan fielmente". Pero Burr plantea una amenaza particular. Había hecho su nombre en los estados más al este, pero su tarea en Utah era un tipo de trabajo muy diferente. Él y sus hombres estaban destinados a parcelar la tierra del territorio en parcelas que podrían venderse o establecerse, y para las comunidades mormonas que ya vivían en parte de la tierra, ese trabajo era una amenaza. Una vez que el gobierno federal había medido el suelo bajo sus pies, no había ninguna garantía de que se les permitiera permanecer.
En la década de 1850 en Utah, "ningún conflicto creó más angustia que las batallas sobre las encuestas de tierras federales", escribe el historiador y profesor emérito en la Universidad Brigham Young, Thomas G. Alexander. Durante dos años, Burr y su equipo fueron hostigados, espiados y acusados de fraude. En ese momento, Burr estaba enviando informes angustiantes a Washington, advirtiendo al presidente Buchanan que los mormones de Utah se estaban preparando para la batalla..
Apenas dos años después de su llegada, habiendo examinado 2.5 millones de acres, una pequeña fracción del territorio, Burr y su equipo huyeron del territorio temiendo por sus vidas, y Buchanan envió 2.500 soldados para instalar un nuevo gobernador.
Los colonos mormones habían llegado a Utah por primera vez en 1847, después de que el fundador de la iglesia, José Smith, fuera asesinado por una turba en Illinois. Los seguidores de Smith se establecieron en Illinois después de que el gobernador de Misuri, su hogar anterior, les ordenó "exterminarlos". Young, el nuevo líder del grupo, decidió mudarse al oeste, hacia el aislamiento y la libertad del desierto. Sin embargo, no mucho después de que los mormones se asentaron en el Gran Lago Salado, los Estados Unidos tomaron posesión del área como un botín de la guerra entre México y Estados Unidos, y los seguidores de la iglesia fueron empujados nuevamente a las negociaciones y los enfrentamientos con políticos estadounidenses poco comprensivos ya menudo perjudicados..
A pesar de que algunos colonos habían estado viviendo en el territorio por casi una década, tenían poco derecho a la tierra que ocupaban. El gobierno federal todavía reconoció, hasta cierto punto, los reclamos de tierras de las tribus locales, pero en última instancia se consideró el propietario de todas las tierras en Utah. Aunque la legislatura de Utah había creado leyes sobre el uso de la tierra y las encuestas autorizadas del condado, los colonos seguían viviendo fuera de cualquier marco que les permitiera hacer reclamos legales sobre la tierra, por lo que el trabajo del Agrimensor General era una fuente de gran ansiedad para ellos..
Young y sus aliados no se equivocaron al desconfiar de Burr, incluso si utilizaron estrategias deshonestas para confirmar sus preocupaciones. Interceptaron el correo de Burr y descubrieron que estaba enviando quejas a Washington. Salt Lake City, se comunicó, era más grande que una ciudad donde se le permitía estar bajo la ley federal. Burr también se preocupó por el poder y la influencia de la iglesia mormona. El territorio otorgó el control de los escasos recursos, como la madera que crece solo en los cañones, a líderes mormones prominentes, que se suponía que debían manejarlos para el bien público. Además, alrededor de un tercio de los miembros de la iglesia tenían que otorgar a Young y a la iglesia los derechos legales que podían reclamar sobre sus tierras, un acuerdo que Burr vio como una peligrosa fusión de iglesia y estado..
Después de leer el correo de Burr, un grupo de funcionarios territoriales, incluido el fiscal general interino y el mariscal territorial, se enfrentaron a él. Necesitaban dejar de escribir estas cartas, le dijeron, y "siempre sabrían si lo hizo de nuevo", según Alexander, el historiador..
Al mismo tiempo, los líderes mormones estaban librando su propia campaña epistolar contra Burr. El Agrimensor General, según Young, "nunca fue nada más que un cachorro que gruñía, mordiendo y mordiendo todo lo que se interpone en su camino ... estafando al Gobierno extensivamente, no valen la pena todas las encuestas realizadas por su partido. . "Aunque se suponía que debían estar marcando las líneas de la encuesta con monumentos permanentes, Young escribió:" pegan pequeñas estacas que el viento casi podría soplar .... No quedará un vestigio de todo lo que hagan para marcar dónde han estado en cinco años ".
Si Burr y su equipo no estaban haciendo su mejor trabajo, puede haber sido en parte debido a la obstrucción que enfrentaron los colonos. A un topógrafo, Charles Mogo, le robaron sus bueyes y tuvo que hacer un trabajo con un equipo de guardias. Recibieron informes de que los mormones intentaban convertir a las tribus nativas en su contra al decir que venían a quitar la tierra, lo cual no era inexacto, incluso si no era el propósito declarado de la encuesta. En algunos casos, según Burr, los mormones hostiles simplemente eliminaron los marcadores que su equipo había colocado.
Pronto estas tensiones se convirtieron en violencia. Otro de los topógrafos de Burr, Joseph Troskowlawski, fue golpeado casi hasta la parálisis. Los sermones dominicales empezaron a mencionar a Burr y sus hombres por su nombre y los criticaron. Burr se fue pronto y llegaron las tropas federales. El conflicto resultante, la Guerra de Utah, no fue exactamente una demostración de fuerza por parte del gobierno de Buchanan. Después de un enfrentamiento de dos años con Young y su gente, las negociaciones terminaron el conflicto y trajeron un nuevo gobierno territorial. Era un ojo morado para el presidente, quien fue acusado de actuar con prontitud e ignorancia, o de no haber suministrado lo suficiente a las tropas que había enviado..
El personal que Burr dejó atrás tampoco le fue bien. Mogo fue acusado de robar caballos y casi fue apedreado a muerte por una mafia mormona. Huyó, sin su esposa embarazada. (Su hijo recién nacido moriría más tarde en un viaje frío y con nieve para reunirse con él). Un empleado de oficina, C.G. Landon, fue golpeado con piedras y palos pero logró escapar. Una turba lo encontró dos días después en su casa, en la cama, cuidando sus heridas, y tuvo que saltar por la ventana del segundo piso para escapar. Salió descalzo de Salt Lake City y desapareció. Durante meses, nadie supo nada de él, y se presume que murió antes de que finalmente apareciera meses después en Placerville, California, a cientos de millas de distancia..
De vuelta en Washington, Burr intentó explicarse y hasta pidió regresar a su puesto después de la guerra. Pero la Oficina General de Tierras lo despidió y tuvo a su reemplazo, Samuel C. Stambaugh, que investigó las acusaciones de un estudio de mala calidad. En su informe, Stambaugh no fue amable. Encontró a Burr culpable de "gran descuido ... por no proporcionar los controles adecuados a sus oficiales", y las encuestas son erróneas. Todo el trabajo debía ser terminado. Aunque las tensiones se habían disipado un poco, el nuevo topógrafo no era mucho más amigable con los intereses mormones que Burr. Recomendó que el gobierno federal no vendiera ninguna tierra hasta que el Congreso pudiera "inducir a la emigración mormona al Territorio".
Pasarían otros nueve años antes de que el gobierno federal abriera una oficina de tierras para facilitar la venta de tierras a los colonos, mucho después de los territorios vecinos. Utah no se convirtió en un estado hasta 1896, nuevamente, años después de las Dakotas, Montana, Idaho y Wyoming. Incluso entonces el gobierno federal seguía sospechando de la población mormona del estado: a Utah se le permitió ingresar en la unión solo con la condición de que se aboliera el apoyo oficial de la iglesia a la poligamia.